پس از عزل بنی صدر از ریاست جمهوری، وی به یک زندگی مخفی روی آورد و همواره طی نامه‌ها و نوارهائی، مردم را به شورش و آشوب علیه نظام مقدس جمهوری اسلامی فرامی‌خواند وی مدام با اشاره به آرای 10 میلیونی خود در انتخابات 5 بهمن اسفند 1358 خود را محبوب‌ترین شخصیت سیاسی در میان ملت ایران عنوان می‌کرد!
اما با برگزاری انتخابات دومین دوره ریاست‌جمهوری در دوم مرداد 1360 که با حضور بسیار پرشور مردم و اعطای حدود 13 میلیون رای به شهید محمد علی رجایی صورت گرفت، بنی‌صدر به شدت خود را در میان آحاد ملت ایران منزوی و تنها دید و با یأس و ناامیدی از ادامه تحرک سیاسی در کشور راه فرار در پیش گرفت.
وی همراه با مسعود رجوی سرکرده منافقین و با چهره و لباس زنانه از کشور فرار کرد.
عملیات فرار با یک هواپیمای بویینگ 707 صورت گرفت.
این هواپیما که خلبان آن همان خلبانی بود که شاه را در دی ماه 1357 از کشور فراری داده بود، ابتدا به طور غیر مجاز به سوی قبرس پرواز کرد و پیش از آن که هواپیماهای شکاری نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران که در تعقیب هواپیمای ربوده شده بودند به این هواپیما برسند، از مرز ایران خارج شد.
بنی‌صدر پس از آن در پاریس مستقر شد.
مقامات فرانسه به تقاضای ایران برای استرداد بنی‌صدر بی‌اعتنایی کردند و او را در پوشش حمایت امنیتی خود گرفتند.
وی در فرانسه با همکاری رجوی و تحت حمایت‌های پاریس، تشکلی بانام "شورای مقاومت" برای مبارزه با جمهوری اسلامی آن تشکیل داد و گروه‌های معارض و ضدانقلاب را به همکاری با این تشکل فراخواند.
اما در این شورا عملا تنها همان گروهک منافقین حضور داشتند.
اندکی بعد بنی‌صدر نیز از این شورا خارج شد.
وی هم اکنون در این کشور با انتشار هفته‌نامه‌ای به نام "انقلاب اسلامی" فعالیت سیاسی محدود خود را ادامه می‌دهد و به عنوان تحلیل‌گر مسائل ایران با رسانه های غربی گفتگو می‌کند.