پس از رحلت آیت‌الله طالقانی در 19 شهریور 1358، حضرت امام خمینی(ره) آقای منتظری را در 21 شهریور ماه به عنوان امام جمعه تهران منصوب فرمودند.
وی چند ماه بعد، از این امر استعفا داد و حضرت امام(ره) در 24 دی ماه، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای را به سمت امامت جمعه تهران، منصوب کردند.
(تصویر؛ اولین نماز جمعه برگزار شده توسط معظم له، که شهید بهشتی نیز در صف نخست دیده می‌شود.
) متن این حکم(ره) گرچه کوتاه است، اما منزلت رفیع معظم‌له را نزد حضرت امام(ره) بیان می‌کند:
بسم اللَّه الرحمن الرحیم
خدمت جناب مستطاب سیدالاعلام و حجت الاسلام آقای حاج سید علی خامنه‌ای- دامت افاضاته
چون حضور جناب مستطاب حجت الاسلام و المسلمین آقای منتظری- دامت افاضاته- در حوزه مقدسه قم لازم بود و ایشان انصراف خودشان را از امامت جمعه تهران اعلام نمودند، جنابعالی که بحمداللَّه به حُسن سابقه موصوف و در علم و عمل شایسته هستید به امامت جمعه تهران منصوب می‌‌باشید.
از خداوند متعال، توفیق جنابعالی را در ارشاد و هدایت مردم خواستارم.
والسلام علیکم و رحمة اللَّه
25 صفر 1400/24 دی ماه 58
روح اللَّه الموسوی الخمینی