پس از پیروزی نهضت مشروطه و روشن شدن خطر انحراف آن، اقدامات شیخ فضلاللَّه نوری به عنوان یکی از عالمان بزرگ زمان، علیه مشروطیت لائیک و سکولار(غیرمشروعه) از اوایل سال 1286 ش آغاز شد.
وی در روز سوم تیر، در رأس عدهای از روحانیون و طلاب و اصناف که بالغ بر پانصد نفر میشدند در اعتراض به انحراف این نهضت به سمت جریان غیردینی، در حرم حضرت عبدالعظیم در شهر ری متحصن شدند.
وعاظ حاضر در آن تحصُّن، همه روزه ضمن ایراد سخنرانی، مشروطه غیر مشروعه را خلاف شرع دانسته و خواستار برقراری مشروطه مشروعه شدند.
در همان ایام شیخ فضلاللَّه نوری به تمام علمای ایران تلگراف زد و ضمن روشنگری در قبال تحرکات شبه روشنفکران وابسته به استعمارپیر، پیامدهای اعمال ضداسلامی آنها را که به نام مشروطیت انجام میگرفت، تذکر داد و از همه علما خواست علیه این جریان انحرافی قیام کنند.
شیخ فضل اللَّه نوری میگفت: "انقلاب مشروطه از اصول اولیه خود منحرف شده و عناصر مخالف اسلام در زیر لباس مشروطهخواهی، قصد دارند، تیشه به ریشه اسلام بزنند.
"
روشنفکران وابسته برای مهار اقدامات شیخ فضلالله، دست به اقدامات متعددی زدند.
از یک سو، روزنامههای هوادار ایشان را به شدت محدود ساختند و از سوی دیگر به هتاکی و جوسازی علیه وی پرداختند و ضمن اینکه او را طرفدار استبداد و متحجر معرفی مینمودند، روسیه را حامی شیخ فضلالله عنوان میکردند.
همزمان به برجستهساختن علمائی پرداختند که بصیرت و ژرفاندیشی شیخ فضلالله را نداشتند.
در ادامه همین خط انحرافی، یکی از همین علما را به مذاکره با وی به شهر ری فرستادند تا با تاکید بر حسن نیت روشنفکران، او را از تحصن بازدارند.
شیخ فضلالله، که عمق این جریان انحرافی را دریافته بود، گفت: اگر تو و دیگر متنفذین تهران به تحصن بپیوندید ریشه این انحراف میخشکد.
اما اگر به صف آنها ملحق شوید، آنها هم ریشه اسلام را میزنند هم مرا میکشند و هم تو را.
متأسفانه این پیش بینی محقق شد.
تحصن شیخ فضلالله یکی از بهانههای منورالفکران برای اعدام شیخ فضلاللَّه در 11 مرداد سال 1288ش برابر با 13 رجب 1327ق گردید.
آنها پس از اینکه شیخ را کشتند، بسیاری از علمای تهران را با قتل و ارعاب از صحنه حذف کردند.