آیت‌اللَّه سیدعباس خاتم یزدی در سال 1309 ش (1349 ق) در یزد متولد شد.
وی پس از اتمام مقدمات و سطح در زادگاه خود، در سال 1334 ش راهی قم گردید و در درس خارج آیات عظام: سید محمد محقق داماد، سید محمدرضا گلپایگانی، محمد علی اراکی و حضرت امام خمینی(ره) شرکت نمود.
آیت‌اللَّه خاتم در سال 1339 ش وارد حوزه نجف اشرف شد و در اقامت 18 ساله خود در آن شهر، از محضر درس حضرات آیات سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودی و حضرت امام و به ویژه از درس آیت‌اللَّه خویی بهره‌های وافری برد تا به مقام عالی اجتهاد دست یافت.
وی همچنین در نجف به عضویت شورای استفتاء امام خمینی درآمد.
وی پس از ورود به قم، مشغول تدریس درس خارج فقه و اصول گردید و شاگردان فاضلی تربیت نمود و پس از پیروزی انقلاب اسلامی عضو دفتر استفتاء امام، دبیر شورای سیاست‌گذاری ائمه جمعه و نماینده مردم استان یزد در مجلس خبرگان از دوره اول بود.
این عالم ربانی سرانجام در 20 شهریور 1380 ش برابر با 22 جمادی الثانی 1422 ق در 71 سالگی بدرود حیات گفت.
پیکر وی را در حرم حضرت معصومه(س) به خاک سپردند.